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虽然文书里仍会写瘴气，但人们已逐渐意识到，所谓瘴气是一些疾病。林子里的吸血虫会让人生病，湿热季节可能出现痢疾、瘟疫。
郎中们拟出了蒿草泡水等方子，还记录了各地土人的土法，用来治疗疾病；并用隔离病人、烧开水、重视茅厕布局等法子来预防瘟疫。
这些对付“瘴气”的手段，并不能完全隔绝瘟疫，但南方汉人在各地的死亡比例、已比当地土人还低。连京师皇城里的皇帝，都知道怎么避开瘟疫了。
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