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海伦娜在孤岛探险的过程中，结识了近代化学家罗克韦尔，两人发现了神器和方尖碑的联系。
海伦娜用神器激活了方尖碑，结果招出了蜘蛛BOSS，坑苦了友方部落。
费劲千辛万苦，打死蜘蛛BOSS后，掉落了一把钥匙，海伦娜觉得钥匙和某秘密洞穴的祭坛吻合，那个祭坛有三个钥匙孔，而海岛一共有三个方尖碑。
于是她有了一个大胆的想法，海伦娜找到【兽群女王】帮忙，而这名所谓的【兽群女王】，其实是来自汉朝末年的黄巾将领――李美盈。
当时的孤岛并不太平，来自古罗马的涅尔瓦做着他的皇帝梦，并且和李美盈产生了冲突。
当海伦娜和李美盈打完大猩猩BOSS传送回来，涅尔瓦突然袭击，击杀了李美盈全部兽群，并俘虏了海伦娜。
海伦娜无奈，交代了方尖碑和钥匙的秘密，这让隐藏在涅尔瓦军中的罗克韦尔不满，他认为海伦娜背叛了自己。
涅尔瓦带着部队打完喷火龙BOSS，集齐三把钥匙前往孤岛泰克洞，并且在和【方舟监察者】的战斗中惨胜。
没想到，就在这时，李美盈突然袭击，击杀了涅尔瓦。
虽然他们一行人通关了孤岛方舟，但重回地球的程序并没有启动。
因为地球上的腐化意识集合体，已经生成了灭绝最终BOSS帝王泰坦，回归地球计划被无限期推迟。
没有通关的喜悦，在一片混乱中，李美盈和涅尔瓦的尸体一起被传送往畸变方舟，海伦娜和罗克韦尔被传送往焦土方舟。
由此方舟生存进化本体孤岛的剧情告一段落，紧接着迎来焦土DLC的剧情故事。
焦土的方舟计划运行的很不顺利，这里的居民缺少探险和反抗精神，反而演化出了方尖碑崇拜一样的宗教。
他们在女祭司莱娅的领导下，安于现状的生活，对方尖碑和神器顶礼膜拜。这让方舟的监查者很恼火，并决心再次清洗掉这批克隆人，重启方舟。
所幸，危机彻底爆发之前，一个不明种族的战士来到了莱娅的部落，他名叫达克亚。
达克亚教会了莱娅的部落使用火器，击败了来犯的螂怪和双足飞龙，达克亚甚至为了救莱娅身负重伤，乘机抱得美人归。
但是在方舟崇拜问题上，他们无法达成一致，莱娅不放弃信仰神，不搬离方尖碑。
直到最后时刻，方尖碑放出的光摧毁整个部落，达克亚牺牲，莱娅信仰崩塌。她单人孵龙蛋，化身龙战士，名字也改成了瓦力阿尔奥斯瓦德。
至于从孤岛方舟来到焦土方舟的罗克韦尔，依靠高明的医术在焦土混的风生水起。
但他非常鄙视这里的宗教和部落民，罗克韦尔先是偷走了一个部落的神器，然后蛊惑另一个部落去打狮蝎BOSS，拿到能量元素板后，又谋杀了全部落的人。
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